Rezultati izbora u Bosni i Hercegovini približno su održavali nacionalnu strukturu same države te se većinom vodilo onom da je „svatko glasovao za svoga“.
Stvaranjem triju nacionalnih stranaka u Bosni i Hercegovini – Stranke demokratske akcije (SDA), Srpske demokratske stranke (SDS) i Hrvatske demokratske zajednice (HDZ) – 1990. godine stvoreno je višestranačje. Stranka demokratske akcije (SDA) osnovana je 2. ožujka 1990., kada je održana konferencija za tisak na kojoj je Alija Izetbegović u ime četrdesetorice potpisnika-osnivača objavio osnivanje stranke. Na čelo Srpske demokratske stranke (SDS) dolazi dr. Radovan Karadžić, a stranka je osnovana u Sarajevu 12. srpnja 1990. Registrirana je u Sarajevu 17. kolovoza 1990. te je tom prigodom predsjednik Izvršnog odbora SDS-a Velibor Ostojić izjavio da Stranka ima 312 000 članova, što je zasigurno svrstava među najjače partije u Jugoslaviji. Dr. Davor Perinović 19. siječnja 1990. u Sarajevu je sa skupinom istomišljenika osnovao Inicijativni odobor HDZ-a iz BiH, a 2. lipnja iste godine u Duvnu je izabran za predsjednika Kordinacijskog odbora HDZ-a iz BiH. U Sarajevu je 19. kolovoza 1990. održan Prvi opći sabor HDZ-a BiH na kojem je izabran Davor Perinović. U svome govoru rekao je da HDZ BiH nije ničija filijala, da Hrvati u BiH nemaju rezervnu domovinu te da će granice BiH braniti i po cijenu građanskog rata.
Hrvatski narod bio je vidno nezadovoljan izborom predsjednika i čelništva te su svoje nezadovoljstvo iskazali zvižducima, što je bilo neviđeno na skupovima drugih stranaka. Politička karijera Davora Perinovića kratko je trajala te se 19. kolovoza 1990. na osnivačkom skupu HDZ-a u Ljubuškom okupilo nekoliko desetaka tisuća članova i simpatizera te stranke koji su izviždali Perinovića, zbog čega je morao prekinuti svoje izlaganje. Nakon samo jednog dana mandata Davor Perinović prestao je biti predsjednik HDZ-a BiH. Nakon smjene Perinovića vršiteljem dužnosti predsjednika HDZ-a BiH imenovan je novinar iz Sarajeva Stjepan Kljuić. Također, ni on nije bio u stanju artikulirati autentičnu hrvatsku politiku u BiH te je još čvršće zastupao promuslimansku politiku i muslimanske interese u BiH, s uvjerenjem da je to hrvatska politika i hrvatski interesi.
Dok su se pobjedničke stranke u Hrvatskoj i Sloveniji spremale preuzeti vlast nakon što su pobijedile na izborima, novoizabrane stranke u BiH tek su se trebale organizirati, registrirati te započeti izbornu kampanju. U BiH su se dogodili otpori višestranačju te samoj demokratizaciji života. Kao reakcija na rezultate izbora u Sloveniji, a posebno u Hrvatskoj, u Sarajevu su 25. svibnja 1990. bosansko-hercegovački komunisti organizirali masovne manifestacije.
Usporedbom vodstva triju nacionalnih stranaka u BiH, primjetna je svakako razlika u njihovom formalnom obrazovanju, društvenom položaju, a samim time i razlika u položaju naroda koji su predstavaljali. Na čelnim pozicijama SDS-a bili su isključivo društveno i radno aktivni sveučilišni profesori – Radovan Karadžić, Biljana Plavšić, Nikola Koljević, Vojislav Maksimović, Aleksa Buha… U vrhu SDA spojena su tri elementa – islamistički protivnici komunizma (Alija Izetbegović), komunistički politički disidenti (Fikret Abdić) te prozapadno orijentirani sveučilišni profesor(i) podrijetlom sa Sandžaka (Ejup Ganić). Na čelo HDZ-a došao je sportski novinar, i to sa srednjom stručnom spremom, Stjepan Kljuić te je uz njega u Predsjedništvo SR BiH kandidiran umirovljeni pravnik i magistar ekonomije -Franjo Boras.
Tri prvotna predsjednika nacionalnih stranaka barem su se jednom u razdoblju svog života po nacionalnosti izjašnjavali ili na neki drugi način predstavljali da su – Srbi. Karadžić je rođen u Crnoj Gori, ali se izjašnjava(o) kao Srbin, Izetbegović se izjašnjavao kao Srbin dok nije službeno priznata bošnjačka nacija te se Davor Perinović izjašnjavao Jugoslavenom, a u medijima je predstavljen kao Srbin koji je osnovao HDZ BiH.
Osim tri navedene stranke, osnovano je još 39 stranaka, među kojima treba istaknuti stranku reformiranog Saveza komunista – Socijaldemokratske partije (SK BiH-SDP), čiji je čelnik bio Nijaz Duraković. Njegova izjava da normalan čovjek danas jedino može biti komunist i dalje pokazatelj je u kojem smjeru ide politika reformiranih (neo)komunista – ako nisi s nama, protiv nas si.
Prvi višestranački izbori u BiH bili su 18. studenog 1990. te se dogodila nesvakidašnja pojava u političkom životu, koja će se kasnije pokazati ključnom u politici SDA. Sustav je bio takav da je iz svake nacionalnosti (Hrvata, Srba, Muslimana) izabrano po dvoje predstavnika te iz drugih naroda i narodnosti po jedan član. Inače, Muslimani su službeno kao konstutivan narod u SFRJ postali 1971. godine, što je i potvrđeno ustavnim amandmanima te iste godine.
Koalicija nacionalnih stranaka (ne)očekivano je i uvjerljivo pobijedila osvojivši svih sedam mjesta za članove Predsjedništva i čak 84% mandata u Skupštini SR BiH. Prema rezultatima izbora, iz redova muslimana na mjesto predsjedništva Bosne i Hercegovine izabrani su: Fikret Abdić (46,95% glasova) i Alija Izetbegović (39,36% glasova). Od Srba su izabrani: dr. Biljana Plavšić (25,88% glasova) i dr. Nikola Koljević (25,14% glasova) te od Hrvata: Stjepan Kljuić (21,56%) i Franjo Boras (18,98%), a iz reda drugih naroda i narodnosti najviše glasova dobio je Ejup Ganić (31,62%). Od 28 kandidata koji su bili na listama za Predsjedništvo SR BiH, Nijaz Duraković iz Saveza komunista BiH (SK-SDP) dobio je 25,3%, a Nenad Kecmanović iz Saveza reformskih snaga BiH – Ante Marković (SRSJ za BiH) dobio je 22,7%, no zbog nacionalnog ključa nisu izabrani u Predsjedništvo SR BiH.
Također, nacionalne stranke imale su većinu i u Skupštini SR BiH te je SDA dobila 86 zastupnika (33,85%), SDS je imala 72 zastupnika (30%), a HDZ je dobio 44 zastupnika (18,35%). SK-SDP dobio je 14 zastupnika (5,83%), SRSJ 12 zastupnika (5%) te sve ostale stranke 12 zastupnika s pet posto. Prema nacionalnoj strukturi u Skupštni SR BiH izabrano je 99 Muslimana, 85 Srba, 49 Hrvata i sedam ostalih. Kao usporedbu treba navesti popis stanovništva koji je proveden 1991. godine te je prema njemu u SR BiH živjelo 43,74% muslimana, 31,33% Srba, 17,27% Hrvata te 7,66 posto ostalih naroda.
Zanimljivost ovih brojki i neformalne koalicije nacionalnih stranaka povezanih antikomunističkim nabojem došla je odmah u pitanje čim su rezultati objavljeni. Dogovor je bio da se potencijalnim glasačima podijele listići sa zaokruženim imenima sedam kandidata nacionalnih stranaka za Predsjedništvo SR BiH, što je HDZ i učinio. Istovremeno, SDA se nije držao takvog dogovora te su na njihovim listićima bila zaokružena imena samo njihovih troje kandidata. Iz toga je proizašlo da bi bez se glasova HDZ-a moglo lako dogoditi da Izetbegović ne bude izabran, a da umjesto njega na čelo dođe – Nijaz Duraković. Ovaj podatak itekako je važan kada se uzmu u obzir kasnija događanja.
Komunistička elita sukobila se na (etno)nacionalnim pitanjima, a Savez komunista posve se raspao. Bitna je usporedba s drugim republikama jer je važno znati i istaknuti da su reformirani komunisti u SR BiH dobili u postotku najmanje glasova. Između ostaloga, Savez komunista Crne Gore dobio je na tamošnjim izborima oko 64% glasova, Socijalistička partija Srbije oko 46% glasova, SK Hrvatske oko 24%, Slovenije i Makedonije po 15%, a SK BiH svega oko osam posto glasova. Rezultati izbora u Bosni i Hercegovini približno su održavali nacionalnu strukturu same države te se većinom vodilo onom da je „svatko glasovao za svoga“.
